Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, Fuu Hououji saygıdeğer okulları ile Tokyo Kulesi'ne geziye gelmişlerdir. Kızlar, birden etraflarını saran ışıkla adeta kör olurlar ve Efsanevi Sihirli Şövalyeleri Cephiro'ya çağıran bir ses duyarlar. Gökyüzünden geçerek başka bir dünyaya, Cephiro'ya düşerler. Oraya vardıklarında Usta Büyücü Clef ile karşılaşırlar ve Clef der ki: "[Cephiro'da], birinin isteğinin, gerçekliği daha iyiye veya daha kötüye değiştirebilme yeteneği vardır. İyi amaçlı bir dilek mucizeler yapabilecekken, insanların kalplerindeki karanlık korkular canavarlara dönüşebilir." Arzusu herkesinkinden daha güçlü olan bir kişi, Haşira, dualarıyla Cephiro'nun iyiliğinin devamlılığını sağlamaktan sorumludur.
İlk kısımda, mevcut Haşira, Prenses Emeraude yüksek rahibi Zagato tarafından yakalanmıştır. Üç kız, üç Rün Tanrısı'nı (Japonca: 魔神, - Maşin) aktive ederek Prenses'i kurtarmakla görevlendirilirler. Yolculukları boyunca rehberlik etmesi için kızlara, Mokona adlı tuhaf bir yaratık verilir. Sonunda Emeraude'ye ulaştıklarında öğrenirler ki Prenses Zagato'ya aşık olmuştur ve bu yüzden sadece Cephiro'nun iyiliği için dua etme yeteneği engellenmektedir. Cephiro üzerinde hiç kimse Haşira'a zarar veremeyeceğinden Sihirli Şövalyeler'i kendisini öldürmeleri için çağırmıştır.
İkinci kısım, ilk sezondaki olayın neden olduğu karışıklıklardan bahsetmektedir: üç savaşan gezegen Cephiro'yu fethetme teşebbüslerinde bulunmaya başlamışlardır ve tüm gezegen yıkılmadan önce yeni bir Haşira seçilmelidir. Hikaru, Umi ve Fuu, Cephiro'ya bir kez daha çağrılır. Mangada daha sonra keşfedilir ki Cephiro'ya geri çağrılmalarından gizemli Mokona sorumludur ve aslında o Cephiro'nun ve Dünya'nın yaratıcısıdır. Animede, kızlar (özellikle de Hikaru), çok istedikleri için dönerler.
Sonunda, Hikaru, yeni Haşira seçilir. Bununla beraber, Hikaru gezegenin kaderinin sadece bir kişinin sorumluluğunda olmaması gerektiğine karar vererek, o kişinin özgürce yaşamasına ve sevmesine olanak tanımayan Haşira sistemine karşı çıkar.
